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小智一行人来到了华蓝市，小霞却不知为何似乎不愿意来此，在劝说小智离开未果后，小霞独自一人不知跑到哪里去了。之后小刚也因事与小智暂时分开。小智独自来到华蓝市的道馆，并向这里的馆主——华蓝美女三姐妹正式发出挑战。谁知三位馆主毫无战意，原来她们的宝可梦已被之前来到这里的小茂等三位来自真新镇的训练家打伤而无法战斗了。华蓝三姐妹的大姐樱花要把蓝色徽章送给小智，却被突然出现的小霞阻止。小霞道出自己的真实身份，原来她就是华蓝道馆最小的妹妹，为了成为水属性宝可梦大师而离家旅行。小霞告诉小智，如果想得到蓝色徽章就必须先在对战中打赢她。小智接受了小霞的挑战，由于皮卡丘不愿与小霞为敌，小智派出巴大蝶和比比鸟应战。第一战巴大蝶不敌小霞的海星星，但比比鸟随后打败宝石海星扳回一局。这时火箭队突然现身，并开启了偷来的抽水机，想要强行夺走皮卡丘以及道馆的所有宝可梦。皮卡丘使出电击将火箭队打得落花流水。虽然小智和小霞的战斗未能分出胜负，但由于皮卡丘保护了华蓝道馆，樱花还是授予了小智蓝色徽章以示谢意。之后小智一行人踏上前往枯叶市道馆之路。

离开深灰市后，小智一行人来到了月见山，在这里救下了被一群超音蝠袭击的深灰科学博物馆的研究员李科，李科带领小智进入月见山山洞去寻找传说中能加强宝可梦力量的月之石。在洞窟深处，小智等人发现了一只持有月之石的皮皮。正当小智准备收服皮皮时，李科劝阻了小智，表示希望给他们一个平静的生活环境。小智等人跟随皮皮进入一处神秘的洞窟，见到了聚居于此的大量皮皮。与此同时，火箭队三人组再度出现，并夺走了月之石。小智他们追击火箭队，双方僵持不下时，皮皮们使用了神秘的招式挥指功，爆发出惊人的力量将火箭队击飞，同时一部分皮皮借由月之石的力量进化成为了皮可西。李科被此情境感染，决定留在月见山与皮皮们一起生活，告别了李科和皮皮们之后，小智一行人离开月见山向下一个道馆所在地华蓝市进发。

第12集 杰尼龟军团登场！第2集 宝可梦中心大对决！小智一行人在２４号道路到枯叶市之间的路上落入了一群淘气的杰尼龟挖的陷坑。正当小智爬上来要和它们对战时，杰尼龟们因为君莎小姐的到来而逃走。君莎小姐告知众人，这些都是被训练家所抛弃的宝可梦。由于被主人遗弃，它们对人类极度失望，因而组成了杰尼龟军团四处胡作非为。另一边，火箭队在野餐时，杰尼龟军团出现将火箭队绑在了树上并吃掉了他们的食物。为了确保自己的安全，喵喵和杰尼龟们做了个交易。在火箭队的帮助下，杰尼龟军团抓住了小智一行人。而皮卡丘由于落入河中，遭到角金鱼的攻击而受伤。小智为了救重伤的皮卡丘，恳求杰尼龟放他前往城镇去买治伤药。而喵喵也在等待和武藏和小次郎归来以完成作战计划。杰尼龟最终答应放小智去买药，但是以小霞的性命作为要挟，威胁小智如果不按时回来的话就杀死小霞。与此同时，武藏和小次郎洗劫了镇上的杂货店，结果历经艰难才到达的小智反而被当做坏人。这时君莎小姐及时出现为小智解了围，并带他抄近路回到杰尼龟军团的藏身地。终于治好了皮卡丘的伤，而小霞也平安无事。随后火箭队出现，抢走了皮卡丘并扔下炸弹，造成了巨大的火灾。千钧一发之际，小智保护了杰尼龟军团的首领，这让杰尼龟非常感动，它发动水枪招式击穿了火箭队的气球，救回了皮卡丘。而杰尼龟军团之后又通力合作，扑灭了火箭队造成的大火，由于杰尼龟军团在灭火上作出了重大贡献，它们得到君莎小姐的通报表扬，并且任命它们为这一地区的消防队。小智一行人离开时，杰尼龟军团的首领悄悄地在后面跟着他们。小智发现了它，并邀请它加入自己的队伍，于是杰尼龟也成为了小智的宝可梦中的一员。皮卡丘在与烈雀的激战后，受伤严重，小智带它赶到附近的常青市，路上遭遇了正在追捕两位嫌犯的君莎小姐，在通过图鉴证实了自己的身份后，小智与皮卡丘被君莎小姐送往宝可梦中心。当乔伊小姐在处理皮卡丘的伤势的时候，小智与大木博士通了电话，告诉大木博士他看到奇怪的宝可梦，但大木博士不太相信他。之后在宝可梦中心等待时，小智遇见了跟过来索取自行车被损坏的赔偿的小霞。随后两位嫌犯突袭宝可梦中心并造成大停电，火箭队三人组先介绍了他们，然后尝试偷取宝可梦中心里所有的宝可梦。乔伊小姐立即开始传送中心里的宝可梦到深灰市的宝可梦中心，而小智和小霞尝试和火箭队对战。宝可梦中心的皮卡丘和小智的皮卡丘合力使用电击，成功击败火箭队但同时也破坏了宝可梦中心。火箭队决定跟着小智，偷他的皮卡丘。小霞也决定跟着小智，直到小智赔偿她的自行车。之后小智一行人决定穿过常青森林前往深灰市。

顺利得到两枚徽章后，小智在旅途中又打败了某路人训练家的小拉达，获得了十连胜。训练家介绍小智去与开设非公认训练馆，并且已连胜九十八场的小明对战；小明告诉众人，他的目标是达成一百连胜，然后就展开修行之旅。之后小明使用穿山鼠轻松地连续打败了比比鸟及巴大蝶，从而将连胜场次增加至九十九场。原本十分得意的小智非常不服气，参观了小明的训练馆之后，小智认为小明对于宝可梦的训练过于残酷，小明反驳只有这样宝可梦才能变强，并且这么长时间它们从未抱怨。两人争得不可开交，甚至一度大打出手。就在两人争执时，乘虚而入的火箭队忙乱中将穿山鼠当成皮卡丘偷走了。穿山鼠逃回小明训练馆，小明正式向火箭队发起挑战，穿山鼠一招就将火箭队打飞。终于实现一百连胜的小明关闭了训练馆，与小智握手话别，正式踏上修行的旅途。

小智一行人继续在常青森林中继续前行，小智发现了独角虫并派出比比鸟将其击倒，但正要收服独角虫时，一个手持剑的少年武士跳了出来要与小智战斗，而独角虫也趁空逃走。小智派出比比鸟与少年的凯罗斯对战，但不敌落败，随后小智又派出铁甲蛹上场，它使用变硬强化自己的防御，使得凯罗斯由于攻击它而导致大角破碎。于是武士也派出了铁甲蛹对战，因为两只宝可梦都不会攻击招式，它们一直使用变硬招式耗了几个小时。此时一群大针蜂突然来袭，并抱走了小智的铁甲蛹，少年于是带小智一行人到他家避难。第二天早上，小智尝试去救回铁甲蛹，但被火箭队妨碍。火箭队的出现令一群铁壳蛹进化为大针蜂，并开始攻击小智一行人。小智的铁甲蛹挡下了大针蜂的攻击并进化为巴大蝶。巴大蝶用催眠粉成功令大针蜂睡觉，令小智一行人趁机逃走。之后小智一行人告别了武士向深灰道馆前进。

小智收服了绿毛虫，十分开心。绿毛虫十分喜欢小霞，然而小霞却说她讨厌虫属性宝可梦，让绿毛虫很伤心。因为小霞伤了绿毛虫的心，让小智感到不愉快，所以小智决定不和小霞一起上路。但小霞仍然因为自行车一事而跟著小智。第二天早上，小智看到一只比比鸟，于是向比比鸟抛精灵球，但比比鸟把精灵球打走。小智尝试用绿毛虫对战但战败，小智再用皮卡丘对战，成功收服比比鸟。这时火箭队出现，皮卡丘和比比鸟相继战败，绿毛虫成功击退火箭队，并进化成铁甲蛹。

皮卡丘在与烈雀的激战后，受伤严重，小智带它赶到附近的常青市，路上遭遇了正在追捕两位嫌犯的君莎小姐，在通过图鉴证实了自己的身份后，小智与皮卡丘被君莎小姐送往宝可梦中心。当乔伊小姐在处理皮卡丘的伤势的时候，小智与大木博士通了电话，告诉大木博士他看到奇怪的宝可梦，但大木博士不太相信他。之后在宝可梦中心等待时，小智遇见了跟过来索取自行车被损坏的赔偿的小霞。随后两位嫌犯突袭宝可梦中心并造成大停电，火箭队三人组先介绍了他们，然后尝试偷取宝可梦中心里所有的宝可梦。乔伊小姐立即开始传送中心里的宝可梦到深灰市的宝可梦中心，而小智和小霞尝试和火箭队对战。宝可梦中心的皮卡丘和小智的皮卡丘合力使用电击，成功击败火箭队但同时也破坏了宝可梦中心。火箭队决定跟着小智，偷他的皮卡丘。小霞也决定跟着小智，直到小智赔偿她的自行车。之后小智一行人决定穿过常青森林前往深灰市。

在关都地区有一个叫做真新镇的小镇，一个叫做小智的男孩正在电视上熬夜观看一场宝可梦联盟对战。小智的妈妈花子，告诉她的儿子到时间去睡觉了，但是小智不愿意去睡觉。因为小智很期待他明天可以从大木博士中领取他的第一只宝可梦。不幸的是，在晚上的梦境中，小智把他的闹钟当成了精灵球扔了出去。由于闹钟损坏的缘故，他第二天早上没能及时起床，到达大木博士的研究所时已经迟到了。常见的关都最初的伙伴——妙蛙种子、小火龙和杰尼龟都已经被准时到达的训练家拿走了，其中一个就是他的劲敌小茂，他拿走的正是杰尼龟。大木博士犹豫地给了一只不听话的皮卡丘的精灵球给小智，并且送给了他一个包含所有关都地区已知宝可梦的图鉴和几个精灵球给小智。当小智很兴奋拥有自己第一只宝可梦的时候，皮卡丘却对小智很不满意。他们两个刚开始的友谊非常不稳定。皮卡丘对小智极其不信任而且非常顽固，导致小智需要用他妈妈准备的橡皮手套和晾衣绳去绑住它。更糟糕的事情是，皮卡丘讨厌在精灵球里面待着，所以小智必须拽着绳子，让皮卡丘全程跟随他。在小智试图捕捉一只小鸟宝可梦波波的时候，他不小心激怒烈雀群。在他们从烈雀群的攻击中逃跑时，他们跳进了一个池塘。然后被当做大鱼被在池塘边钓鱼的小霞钓起。小智借了小霞的自行车去逃脱烈雀群的攻击，但是他们在狂风暴雨中摔倒了。最后，小智并没有其他的选择，他站在受伤的皮卡丘面前去对抗烈雀群。这无私的行动说服了皮卡丘去帮助小智，皮卡丘跳到了小智的肩膀上，使用电击配合雷电将烈雀群全部击败。然而，皮卡丘在攻击烈雀群的同时也破坏了小霞的自行车。然后小智和他几乎昏迷的皮卡丘准备前往常青市的宝可梦中心，小智看到了一只金色宝可梦在天空中盘旋。小智拿起宝可梦图鉴想知道它是什么东西，却被图鉴告知是一只未知的宝可梦。小智和皮卡丘踏上了前往常青市的路途。

大风吹坏了鼹鼠的唱片。鼹鼠和老鼠把动物们演奏的音符收集起来，制作成了一张唱片。留声机里又响起了悠扬的音乐，大家随着音乐翩翩起舞。

鼹鼠捡到了一把雨伞，他把雨伞当成降落伞和小船来玩。后来，他又学起了卖瓜人，把雨伞当成了凉伞，从卖瓜人那里偷来西瓜分给小动物吃。卖瓜人发现后，想要捉住鼹鼠。小动物们帮助鼹鼠脱险，还戏弄了卖瓜人。